Miałem to samo! Długo mnie to nurtowało, sporo kombinowałem (nawet cofałem się z Batem do wcześniejszych wersji), aż odkryłem, że takie zachowanie powoduje u mnie... działający w tle antywirus Avast. Gdy wyłączyłem opcję ochrony poczty w Avaście, wskaźnik w The Bat zaczął się normalnie zachowywać.
Może ten trop i Tobie pomoże...