Sądzę, że do sortowania poczty w taki sposób jak opisałeś, czyli przenoszenia korespondencji do folderów powiązanych z początkowym adresem odbiorcy niezależnie od tego, kto będzie będzie później tę korespondencję prowadził, można wykorzystać książkę adresową. Pole References nie bardzo się nadaje do tego, aby wykorzystać je do sortowania, ponieważ - jak słusznie zauważyłeś - może ono nie być powiązane z poprzedzającą wiadomością.
Wyobrażam sobie schemat sortowania w następujący sposób:
1. W książce adresowej tworzymy grupy Siedziba, Miasto1, Miasto2... (początkowo będą one puste).
2. Przychodzi pierwsza wiadomość na adres xxx@firmaX.pl. Musisz mieć kilka filtrów poczty przychodzącej (tyle ile głównych kont, czyli liczba filii + 1 dla siedziby), z których każdy będzie sprawdzał obecność odpowiedniej frazy Siedziba, Miasto1, Miasto2... w polu Odbiorca i nieobecność adresu nadawcy w odpowiedniej grupie książki adresowej (obydwa warunki muszą być spełnione równocześnie, czyli połączone operatorem AND). Jeśli adresu nadawcy tam nie będzie filtr ma go tam dopisać. To będzie podstawa do dalszej filtracji.
3. Następna grupa filtrów poczty przychodzącej (umieszczona za filtrami opisanymi wyżej) przenosi wiadomości do właściwych folderów na podstawie obecności odpowiedniej frazy Siedziba, Miasto1, Miasto2... w polu Odbiorca lub (operator OR) obecności adresu nadawcy w odpowiedniej grupie adresowej.
4. Zespół filtrów poczty wychodzącej sprawdza tylko obecność adresu odbiorcy w odpowiedniej grupie adresowej i przenosi wiadomości do właściwych folderów - zauważ, że w ten sposób uniezależniamy się od konta, z którego jest wysyłana wiadomość.
Sądzę, że to powinno zadziałać. Ja wykorzystuję książkę adresową i grupowanie adresów jako pomoc przy sortowaniu wiadomości i nie ma z tym problemów na jednym koncie, zatem i dla kilku kont taki mechanizm powinien się sprawdzić. Nie wiem jak to będzie działać na kontach IMAP, bo obsługa tego protokołu nie jest najmocniejszą stroną The Bat!.