Kłopoty z szablonami HTML występują od początku ich istnienia, ale Twój problem da się chyba rozwiązać za pomocą odpowiedniej organizacji edycji wiadomości. Przede wszystkim wstaw do szablonu makro %SetEditor(4), które po jego wywołaniu spowoduje przestawienie edytora wiadomości w tryb "tylko HTML".
Twój szablon nie powinien być wywoływany ręcznie, ponieważ to właśnie stwarza często problemy. Jeśli szablon ma być stosowany dla nowych wiadomości, musisz wyczyścić odpowiedni szablon główny konta i zamiast istniejących tam wpisów wstawić makro wywołujące Twój szablon HTML, czyli %QT(nazwa_szablonu_HTML). Jeśli szablon chcesz stosować dla odpowiedzi, postąp podobnie.
Sprawdziłem to na najnowszych wersjach beta, ale ponieważ nie widzę jakiej wersji The Bat! używasz, nie wiem czy ta rada pomoże.