Używasz wersji programu, która ma chyba jakieś błędy, ponieważ ostatnia stabilna ma numer 3.85.03. Zainstaluj tę nowszą i sprawdź czy pliki nadal się tworzą. Inną przyczyną może być błędna instalacja, którą można próbować naprawić z poziomu instalatora (poprzez Panel Sterowania Windows).
Gdzie masz katalog na pliki tymczasowe? The Bat! tworzy w nim pliki z rozszerzeniem .tmp najczęściej wtedy, gdy nie może się połączyć z serwerem lub gdy jakiś źle skonfigurowany program antywirusowy skanuje odbieraną pocztę.
Spróbuj także przenieść te pliki w inne miejsce i sprawdź czy nie dzieje się coś złego (raczej nie powinno - wtedy je po prostu usuń). Jakie operacje na wiadomościach wykonujesz (kopia zapasowa, filtrowanie, kompresja, oczyszczanie folderu)? Przypominam także o ostrożności przy przetrzymywaniu wiadomości w folderze "Inbox" - lepiej przenosić je do innych folderów, korzystając z dobrodziejstw automatycznego sortowania i filtrowania.