Zainteresuj się pluginem Extended Macro Plugin: http://www.gaijin.at/en/tbpxmp.php
Przydatne dla Ciebie makro to %XMP_NoSubj([Temat])
Opis:
W przypadku gdy temat dla aktualnej wiadomości jest pusty, zwracana jest wartość jak dla argumentu "Temat". W przeciwnym razie makropolecenie zwraca aktualną wartość dla nagłówka "Subject:".
W przypadku nie podania wartości dla argumentu "Temat" zwracana jest wartość "(ohne Beteff)".
Przykład:
%XMP_NoSubj("PUSTY")%-
%SUBJ="%XMP_NoSubj"
Dla odpowiedzi na wiadomość z pustym tematem przykład prowadzi do zwrócenia "Re: PUSTY", jako nowy temat zostanie ustawione "Re: (ohne Betreff)".
Dorzucasz do tego makro, które będzie zapisywać tematy do pliku i masz pliczek z tematami 
Oczywiście, żeby odpalić makra, musisz utworzyć filtr i doinstalować wtykę.
Co do zapisywania do pliku, makra %XMP_FileAddLn i %XMP_StrC.
Mogłoby to tak wyglądać:
%XMP_FileAddLn("C:\tematy.txt","%XMP_StrC('%XMP_NoSubj("Pusty")\r\n')")
Nie sprawdzałem niestety czy to zadziała (makro zapisuje do pliku tematy.txt, następnie zapisuje do niego tematy i dodaje znak nowej linii, gdy temat nie ma tematu - wrzuca słowo Pusty).
/edit/
Przetestowałem i działa tak jak potrzebujesz, ale nieco namieszałem, więc polecę w krokach:
1. utwórz filtr dla wiadomości przeczytanych (tak, żeby się nie mieszało z innymi Twoimi filtrami)
2. jako warunek podaj Dowolna wiadomość
3. w operacjach wybierz Eksportuj wiadomość
4. jako format eksportu wybierz czysty tekst i kliknij Szablon
5. w szablonie podaj %XMP_StrC('%XMP_NoSubj("Pusty")')
6. w opcji "jeśli plik docelowy istnieje" wybierz opcję Dopisz do istniejącego pliku.
Oczywiście przed wszystkim zainstaluj XMP. Sprawdzałem i działa. Możesz ewentualnie wkleić sobie zawartość do Excela, żeby posortować to sobie alfabetycznie.