Pomijając niepotrzebne według mnie komplikowanie rozdziału poczty na foldery, chciałbym zwrócić Twoją uwagę na warunki filtrów. Napisałeś, że używasz filtrów z warunkami "NADAWCA ZAWIERA @", ale to chyba nie tak... Przy odbiorze i przeczytaniu poczty masz przecież do dyspozycji sprawdzanie odbiorcy (czyli jednego z Twoich adresów), natomiast nadawcę (czyli Ciebie) należy sprawdzać przy wysyłce. Problem z usuwaniem da się chyba rozwiązać przez odpowiednie ustawienie właściwości usuwania dla folderów poszczególnych kont.
Warunki filtrów dają się łączyć za pomocą funkcji logicznych, co pozwala zmniejszyć liczbę filtrów - tę właściwość również możesz wykorzystać. W podręczniku jest cały rozdział o filtracji i mam nadzieję, że zapoznałeś się z nim dokładnie.