Nie wiem czy to pomoże, ale spróbuj może wyeksportować wiadomości w formacie skrzynki pocztowej Unix, włączając wcześniej przechowywanie załączników w treści. Jeśli to się powiedzie i w wyeksportowanych wiadomościach będą zakodowane załączniki (co łatwo sprawdzić podglądając plik w edytorze tekstowym, np. Notatniku), wówczas możesz usunąć wiadomości z The Bat! i załączniki z katalogu. Następnie należy zaimportować wcześniej wyeksportowane wiadomości i nie używać opcji przechowywania załączników w zewnętrznym katalogu.
Oczywiście, przed tymi operacjami należy wykonać kopię zapasową i przećwiczyć działanie na kilku wybranych wiadomościach z załącznikami.