Nie jestem specjalistą od protokołu IMAP w The Bat!, zatem utworzyłem testowo konto IMAP na Home.pl i wypróbowałem filtr usuwający wiadomości z serwera. Na kilkanaście wiadomości spełniających kryterium filtr zadziałał poprawnie.
W Twoim przypadku przyczyną nieudanych może być zbyt duża liczba żądań kierowana do serwera. Spróbuj na panelu konfiguracji konta włączyć zapis dziennika połączeń do pliku - może tam coś znajdziesz. Być może warto także dostroić obsługę tego konta na tym samym panelu w sekcji Dostrajanie konta IMAP. Masz tam np. opcje dotyczące wysyłania pleceń IDLE do serwera oraz liczby jednoczesnych sesji. Być może przy szybkim łączu zwiększenie tego parametru może pomóc.