Twój problem (kłopoty z odświeżaniem zawartości folderów wirtualnych) pojawiał się na angielskiej liście dyskusyjnej TBBETA, ale w zasadzie nic konkretnego nie mogłem tam znaleźć. Problem na ogół ustępował samoistnie, bez rozpoznania dlaczego tak się dzieje, albo znikał w zaktualizowanej wersji. Tak np. było w wersji 4.2.10.17, ale towarzyszył temu komunikat o błędzie "List index out of bounds". Sprawdź na wszelki wypadek czy nie pojawiły się u Ciebie jakieś wpisy w pliku thebat_Exceptions.log (znajdziesz go w katalogu ..\Mail).
Podobnie jak Ty, używam wielu folderów wirtualnych z różnymi kryteriami filtrowania, śledzących pocztę w wielu zwykłych folderach. Nie zaobserwowałem jednak żadnych zakłóceń w ich działaniu, chociaż dzienna porcja dużych wiadomości dochodzi niekiedy do kilkudziesięciu. Dotyczy to zarówno The Bat!, jak i jego przenośnej wersji, Voyagera. Praktycznie zawsze korzystam z najnowszych wersji beta, zwracając tylko uwagę na to, aby nie instalować wersji z oczywistymi błędami, które inni testerzy-ochotnicy zauważyli wcześniej. Spróbuj zatem zainstalować najnowszą wersję beta (4.2.35, do pobrania z adresu http://www.ritlabs.com/download/files3/ … 42350.rar) i sprawdź co się dzieje. Korzystam z niej bez problemu, mogę więc polecić i Tobie.
Spróbuj także oczyścić zawartość katalogu ..\Mail\cache - ale to tylko na wszelki wypadek, bo niekiedy taka operacja pomagała w różnych dziwnych przypadkach. Możesz również zmienić stan opcji Automatyczne odświeżanie i Zapamiętuj stan między sesjami we właściwościach folderów wirtualnych.