Wszystkie ustawienia wyglądu są pamiętane w rejestrze Windows w gałęzi HKEY_CURRENT_USER\Software\RIT\The Bat!. Przejrzałem te wpisy, ale nie widzę czegoś co odpowiadałoby za położenie menu i pasków narzędziowych. Może spróbuj wywołać z klawiatury panel tworzenia kopii zapasowej (Alt+N, Z), zrób kopię zapasową poczty, usuń z rejestru wpisy The Bat! i zainstaluj ponownie program. Prawdopodobnie przy instalacji będziesz mógł wskazać starą lokalizację katalogu z pocztą i wszystkie ustawienia kont oraz wiadomości odtworzą się automatycznie (kopia zapasowa jest na wszelki wypadek). Nic innego mi nie przychodzi do głowy.
Czy gdzieś na ekranie nie masz przypadkiem małego okienka z menu lub paskiem narzędziowym? Może jest ono gdzieś ukryte?